1，吸光度。
乙腈HPLC級的小。乙腈和甲醇的市銷HPLC級和優級的吸收光譜中，乙腈HPLC吸收最小（特別是在短波長上小）。所謂HPLC級是除去具有吸收UV的雜質，在規定的波長上吸光度限制在規格值以內。在UV檢測時，產生的噪聲小，因此在進行UV短波長上的高靈敏度分析時乙腈HPLC級最適宜。另外，在UV檢測中的梯度基線上也是乙腈HPLC級產生鬼峰少，雖然，其他與水相溶性高的有機溶劑有各種各樣，但很難能找到比乙腈HPLC級吸收更小的。另外，甲醇的HPLC級和優級，雖然所得的光譜相差不大，但是優級不能保證吸光度，有可能產生偏差，價格也相差不大，所以盡量使用HPLC級。
2、壓力
乙腈低，柱內承受的壓力，根據有機溶劑的種類或混合比率的不同而異，水/乙腈，水/甲醇混合液的比率與輸液壓力的關系中,甲醇與水混合，壓力增高，而乙腈同樣與水混合且并不如此。所以，乙腈一方，在同樣的流速下不在柱內加上多余的壓力。
3.洗脫能力
一般而言，乙腈較強。乙腈和甲醇分別用同樣的比率與水混合時，一般情況下，乙腈的洗脫能力強。特別是混合比率低時，從咖啡因和苯酚的洗脫來看，獲得同樣的保留時間，乙腈的比率，只需甲醇的比率的一半以下即可。另一方面，有機溶劑100%或與此極接近時，從胡蘿卜素和膽甾醇來看，常常都是甲醇的洗脫能力強。混合比在50比1等較為特殊時，調制的誤差大，影響保留時間，或平衡化的時間長，乙腈遇到這種情況時，用甲醇的10比1混合代替乙腈，這樣操作方便些。溶劑受溫度影響時，不采用容器定量，而采用重量的方法(考慮比重)，可使混合比的誤差減小。
反相色譜法用乙腈與甲醇有什么區別
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